高级查询

在首页上点击“基础数据资源”按钮，选择“Trace数据库”进入Trace数据库主页，如下图所示：

限定词说明

Trace数据库能够利用限定词来进行更精的确查找，支持的限定词包括如下几种：

限定词	描述
Trace Id	在SDSPB的流水号
Center name	测序中心的名字
Source type	DNA的来源。G = Genomic DNA;N = Non Genomic DNA;VIRAL RNA = Viral RNA; SYNTHETIC = Synthetic DNA
Species Code	物种代号
Trace name	Trace的名字，在一个测序中心里Trace的名字是唯一的，不过在不同测序中心之间名字可以相同，它在Trace Archive里由TRACE_NAME 和 CENTER_NAME。
Chemistry type	在测序中所使用的化学类型，有两种可供选择：Primer和　Terminator，其中p＝primer，t＝terminator。
Create data	数据创立日期
Tax ID	物种分类号
Organism	来源的物种名称

SDSPB的Trace数据库查询结果显示有如下三种显示格式：FASTA、Quality、Info，Trace格式仅提供下载。

FASTA显示格式是系统默认的显示格式。

FASTA格式第一行为注释信息行，“>gnl”开头，后跟Trace的ID和名字。第二行为具体的序列数据。

Quality格式显示有关序列质量的数据，其第一行为标识符“>gnl”，后跟Trace的ID。第二行开始为详细的序列质量数据。

Info格式显示了测序的描述性信息，常见的信息有如下几种：

描述字段	意义
Id	Trace的在SDSPB的流水号
trace_name	Trace的名字
center_name	测序中心的名称
species_code	对Trace来源物种的描述
trace_type_code	获取Trace所采用的测序策略
submission_type	提交数据的类型，可以是如下：NEW、UPDATE、UPDATEINFO、WITHDRAW。
source_type	DNA的来源
taxid	Trace来源物种的分类号
chemistry_type	在测序中所使用的化学类型
insert_size	期望的插入大小
plat_id	由提交者所定义的plat ID，用于标识测序模板的存储位置。
program_id	创建Trace文档所使用的程序
svector_code	测序中心所定义的测序载体的代码
template_id	提交者所定义的测序模板的标识符
trace_end	读取的模板末端的定义。可以是以下值： F: FORWARD R: REVERSE N: UNKNOWN
trace_format	Trace文档的格式，可以是以下值： SFF：Standard Flowgram Format. SCF：A standard file format for data from DNA sequencing instruments. ZTR：The ZTR format is used for storing analogue chromatogram data from DNA sequencing instruments. ABI：A ABI-trace file is a binary file including the trace data and the sequence.
well_id	测序中心所定义的测序反应标识符，和plate_id一起用来标识测序反应的存储位置。

SDSPB的Trace数据库提供如下两种数据下载方式：

1）下载打包的Trace数据

我们提供了Trace数据的FTP下载，点击Trace数据库页面的左侧栏中的“数据下载”，你就可以通过FTP来登录我们的下载中心，然后选择你需要的数据来进行下载。

2）下载查询到的Trace序列数据

在查询结果的页面，选择 “FASTA”、“Quality”、“Info”和“Trace”四种格式中的一种，然后点击“下载”按钮，即可下载你所查询到的结果中你选中的蛋白质序列数据，如果你没有选中，则下载当前显示页面上的全部数据。

Trace数据库的提交请参见：数据提交页面