SRA数据库简介
SRA

随着测序技术的发展,新的测序仪器(比如454, Illumina, ABI Solid, Helicos)开始投入使用。新的技术,新的仪器产生的数据也和以往不同,其测出的单条序列较短, 为此我们将其称为小片段序列集(Short Read Archive ,SRA)。 最近NCBI和相关仪器的公司又共同制定了一套标准,我们参考这个标准建立了SRA数据库用于存储这类数据。

SRA数据库是由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护。SRA数据库接受研究者、研究组织以及专利申请者提交的数据 并予以发布,注册用户可以通过FTP批量提交数据

SRA数据库对用户提供免费的数据查询数据在线下载服务。数据库提供了接收号、机构、物种、标题、课题编号、实验描 述等多个检索项,用户可以选择使用普通检索或高级检索对数据库的进行多方式的检索查询。对于查询的结果,数据库提供了多种格式供用户浏览、 下载。

根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类:

  • study -- 研究课题
  • experiment -- 实验设计
  • run -- 测序结果集
  • sample -- 样品信息

用户可以通过左侧菜单,进入相关的数据查询页面,进行检索查询。

生物信息科学数据共享平台将定期发布SRA数据,用户可以通过FTP或者光盘获取SRA数据。

欢迎使用我们的SRA数据库,并提出宝贵意见。


数据示例


关于检索的使用说明,点击这里

关于序列提交的说明,点击这里