提交步骤

• 请先确认您已是数据共享平台注册的用户，否则请先注册。
• 登陆数据共享平台后,点击左侧菜单的“数据提交”,选择已有项目或创建新项目。
• 选择已有批次或创建新批次。在创建批次时，选择要提交的数据类型为“GSS”。
• 再点击“下一步”按钮后，进入提交页面。
• 选择离线提交（batch submission），下载标识文件（subdesc.bch）。
• 按照指定格式处理生成数据文件，连同标识文件一起，通过ftp上传至服务器。

GSS数据文件说明

GSS序列格式参考了NCBI dbGSS部分的相关规范，见网页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/how_to_submit.html

GSS数据文件必须为存文本文件，数据文件可以包括一个*.info文件和多个*.GSS文件。文件格式见以下说明：

*.info文件格式说明

*.info文件是GSS提交所必须的文件，内容包括参考文献、文库信息、提交者信息等GSS数据的共有信息，GSS序列注释引用该文件的信息。文件名可以任意，后缀名为info。
一个*.info文件由一个或多个数据块组成。每个数据块以一个标示行开始，以一个结束行结束。 标示行的格式为
TYPE：<数据类型>（参见表1）
结束行为双竖线
||
每个数据块内容为多个数据行，每个数据行的格式为：
<Tag>：<数据内容> （参见表2）

表1：*.info文件数据类型

数据类型	标示	数据块数量	说明
参考文献	TYPE:Pub	0个，1个或多个	存放文献信息
文库来源	TYPE:Lib	一个或多个	存放数据的文库信息
联系方式	TYPE:Cont	一个或多个	存放数据作者的信息

表2：*.info文件tag说明

Tag名称	内容描述	是否必填	备注
参考文献
MEDUID:	Medline编码
TITLE:	文章标题	是
AUTHORS:	作者姓名	是	作者之间以；分开： Name,I.I.; Name2,I.I.; Name3,I.I.
JOURNAL:	刊物名
VOLUME:	卷号
SUPPL:	增刊号
ISSUE:	刊号
I_SUPPL:	增刊刊号
PAGES:	页码
YEAR:	发行年	是
STATUS:	文章的状态	是	1=未发表, 2=已提交, 3=在印,4=已出版
文库信息
NAME:	文库名	是	不超过 48个字符
ORGANISM:	制作文库用的生物物种.	是	学名
STRAIN:	物种的品系（菌株，变种）
CULTIVAR:	植物栽培变种
ISOLATE:	提取序列的生物体的个体特征
SEX:	生物体性别		female, male, hermaphrodite
ORGAN:	器官名
TISSUE:	组织类型
CELL_TYPE:	细胞类型
CELL_LINE:	细胞株名称
STAGE:	发育阶段
HOST:	宿主
VECTOR:	载体名称
V_TYPE:	载体类型		Cosmid（粘粒）, Phage（噬菌体）,Plasmid（质粒）,YAC, other
RE_1:	载体的限制性酶切位点1
RE_2:	载体的限制性酶切位点2
DESCR:	描述文库的准备方法，载体等		尽可能详细地描述mRNA/cDNA 的出处
联系方式
NAME:	提交EST的人的姓名	是
FAX:	传真
TEL:	电话
EMAIL:	E-mail地址	是
LAB:	提取EST的实验室
INST:	机构名
ADDR:	地址

*.GSS文件格式说明

*.GSS文件GSS提交的主体文件，文件名可以任意，后缀名为info。内容包括按照指定格式注释的GSS序列信息。每个*.GSS文件存放一条或多条GSS序列的数据，每条序列的数据组成一个数据块。每个数据块以标示行：
TYPE:GSS
开头，以结束行
||
结尾。
数据块中的内容见下表。该表内容参考NCBI提交格式，并进行了适当的增删改。

表3：GSS数据块tag说明

栏目名称	内容描述	是否必填	备注
CONT_NAME:	联系人姓名	是
CITATION:	引用文献
LIBRARY:	文库名称	是
GSS#:	Contact lab.分配的GSS id	是
GB#:	GenBank编号
CLONE:	克隆号
SOURCE:
SOURCE_DNA:
SOURCE_INHOST:
OTHER_GSS:	这一克隆中包含的其他GSS
DBNAME:	交叉引用的数据库名称
DBXREF:	交叉引用数据库的编号
PCR_F:	正向PCR引物序列
PCR_B:	反向PCR引物序列
INSERT:	插入长度(碱基数)
ERROR:	预计的插入长度偏差(碱基数)
PLATE:
ROW:	行数或字母
COLUMN:	列数或字母
SEQ_PRIMER:	测序引物描述或序列
P_END:	序列的哪一端，如5'
HIQUAL_START:	高保真序列的起点碱基位点
HIQUAL_STOP:	高保真序列的终点碱基位点
DNA_TYPE:	DNA的种类	是	cDNA, Genomic（基因组）, Viral（病毒）, Synthetic（人工合成）,Other
CLASS:	测序方法分类，如BAC末端测序(BAC ends)，YAC末端测序(YAC ends)，外显子捕获等(exon-trapped)	是
PUT_ID:	提交者对序列的推断
COMMENT:	GSS的注释
SEQUENCE:	序列	是

数据格式范例

*.info文件
TYPE: Pub
MEDUID: 92347897
TITLE: Expressed sequence tags and chromosomal localization of cDNA clones from a subtracted retinal pigment epithelium library
AUTHORS: Gieser,L.; Swaroop,A.
JOURNAL: Genomics
VOLUME: 13
ISSUE: 2
PAGES: 873-6
YEAR: 1992
STATUS: 4
||
TYPE: Lib
NAME: Rat embryonic day 17 post-fertilization Library
ORGANISM: Rattus norvegicus
STRAIN: Sprague-Dawley
SEX: male
STAGE: embryonic day 17 post-fertilization
TISSUE: aorta
CELL_TYPE: vascular smooth muscle
DESCR:
||
TYPE: Cont
NAME: Sikela JM
FAX: 303 270 7097
TEL: 303 270
EMAIL: tjs@tally.hsc.colorado.edu
LAB: Department of Pharmacology
INST: University of Colorado Health Sciences Center
ADDR: Box C236, 4200 E. 9th Ave., Denver, CO 80262-0236, USA
||

*.GSS序列数据
TYPE: GSS
STATUS: New
CONT_NAME: Sikela JM
GSS#: Ayh00001
CLONE: HHC189
SOURCE: ATCC
SOURCE_INHOST: 65128
OTHER_GSS: GSS00093, GSS000101
CITATION:
Genomic sequences from Human
brain tissue
SEQ_PRIMER: M13 Forward
P_END: 5'
HIQUAL_START: 1
HIQUAL_STOP: 285
DNA_TYPE: Genomic
CLASS: shotgun
LIBRARY: Hippocampus, Stratagene (cat. #936205)
PUBLIC:
PUT_ID: Actin, gamma, skeletal
COMMENT:
This is a comment about the sequence. It may contain features.
It may span several lines.
SEQUENCE:
AATCAGCCTGCAAGCAAAAGATAGGAATATTCACCTACAGTGGGCACCTCCTTAAGAAGCTG
ATAGCTTGTTACACAGTAATTAGATTGAAGATAATGGACACGAAACATATTCCGGGATTAAA
CATTCTTGTCAAGAAAGGGGGAGAGAAGTCTGTTGTGCAAGTTTCAAAGAAAAAGGGTACCA
GCAAAAGTGATAATGATTTGAGGATTTCTGTCTCTAATTGGAGGATGATTCTCATGTAAGGT
GCAAAAGTGATAATGATTTGAGGATTTCTGTCTCTAATTGGAGGATGATTCTCATGTAAGGT
TGTTAGGAAATGGCAAAGTATTGATGATTGTGTGCTATGTGATTGGTGCTAGATACTTTAAC
TGAGTATACGAGTGAAATACTTGAGACTCGTGTCACTT
||