基因组基因组
基因数据库

SDSPB Gene是专门存储基因信息的数据库。它并没有包含所有的已知的和预测的基因,主要存储的是经过完整测序的基因组信息,并且有活跃的研究团队提供这些信息,或者该基因组有详细测序...

基因数据库
基因组数据库

基因组数据库收录了常见的细菌、古菌和真核生物以及病毒、类病毒、质粒基因组的数据,数据库为用户提供数据收集、数据存储、数据的分类、数据检索与展示等。

基因组数据库
普通核酸数据库

普通核酸(CoreNucleotide)是指除EST、GSS、STS以外的其他核酸序列。其数据来源可以分为两部分:用户直接提交,以及数据中心根据需要从其他核酸数据库中下载的数据。

普通核酸数据库
引物数据库

引物(Primer)数据库接收研究者、研究组织以及专利申请者提交的引物数据并予以发布,注册用户可以通过FTP批量提交数据。

引物数据库
基因组勘测序列数据库

基因组勘测序列(Genome Survey Sequences,GSS)是基因组DNA克隆的一次性部分测序得到的序列。包括随机的基因组勘测序列、cosmid/BAC/YAC末端序列、通过Exon trapped获得基因组...

基因组勘测序列数据库
序列标签位点数据库

序列标签位点(Sequence Tagged Sites)是基因组序列标记位点,其主要来源有随机位点序列、表达基因序列、遗产标记序列等。STS提供染色体定位信息,对基因作图、基因定位具有重要意义。

序列标签位点数据库
小片段序列集数据库

随着测序技术的发展,新的测序仪器开始投入使用,其产生的数据也和以往不同,测出的单条序列较短,为此我们将其称为小片段序列集(Short Read Archive)。最近NCBI和相关仪器的公司又共同制定...

小片段序列集数据库
测序峰图数据库

测序峰图(Trace)是测序仪生成的峰图文件,是序列最原始数据。Trace数据的整理、存储对于生物研究有着重要的意义。

测序峰图数据库
基因表达谱数据库

SDSPB_GEO的目标是构建一个类似GEO的数据库信息系统,可以收录基因表达相关的高通量数据,包括:基因芯片、SAGE、MPSS、蛋白质芯片、质谱、chip-chip、arrayCGH。提供相关...

基因表达谱数据库
基因文库数据库

基因文库是使用相同载体的一组克隆,所有被克隆的DNA分子能够表示某一生物的整个基因组。SDSPB的基因文库主要存放人、大鼠、小鼠等物种的全长度编码cDNA克隆...

基因文库数据库
基因组浏览器

MapViewer提供了快速可信赖的基因组展示,可以限定任意位置和任意范围,并且有对应的注释。目前包括的模块有刻度图,G带图,contig图,gene图,GpC图,RNA图,STS图,repeat图,genetic图等。

基因组浏览器
通用基因组浏览器

通用基因组浏览器
http://lifecenter.sgst.cn/gb2/

通用基因组浏览器
iNPS

Accurately detecting genome-wide nucleosome positions is important to understanding chromatin remodeling events in gene regulation. NPS is a widely used software package for detecting nucleosome positions from MNase-seq data, but its accuracy needs much improvement...

iNPS
虚拟中国人基因组数据库

Virtual Chinese Genome Database is a dynamic genome database of Chinese population.VCGDB is a big data solution based on public data released by 1000 Genomes Project.

虚拟中国人基因组数据库
DNA条形码数据管理系统

The Global Mirror System of DNA Barcode Data (GMS-DBD) is designed as a web-based system to distribute DNA barcode data generated by the International Barcode of Life (iBOL) project. iBOL is the largest biodiversity genomics initiative ever undertaken, and aiming to ...

DNA条形码数据管理系统
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蛋白质组蛋白质组
蛋白质组数据库

With development of functional genomics research, large-scale proteomics study is now widespread and presents significant challenges in data storage, exchange and analysis.

蛋白质组数据库
蛋白质数据库

蛋白质数据库主要存储的是UniProt数据,其注释水平高(例如描述蛋白质的功能、作用域结构、翻译后修饰、突变体等),冗余水平最低,与其它数据库的整合性较好。

蛋白质数据库
转录后修饰系统资源数据库

SysPTM是一个系统的蛋白质翻译后修饰研究数据平台。该平台整合了公共数据库和文献中的翻译后修饰数据,并开发了四个在线工具。该平台为深入分析蛋白质翻译后修饰奠定了基础

转录后修饰系统资源数据库
蛋白质组学鉴定数据库

蛋白质组学鉴定数据库
http://lifecenter.sgst.cn/ipride/

蛋白质组学鉴定数据库
寄生虫数据库

寄生虫数据库
http://lifecenter.sgst.cn/para/

寄生虫数据库
编码蛋白质DNA序列并行比对工具

编码蛋白质DNA序列并行比对工具
"ParaAT (Parallel Alignment and back-Translation) 使用并行化技术,可以高通量、快速地构建同源基因的蛋白编码区的序列联配文件。ParaAT 满足了大数据时代高通量分析工作的需求,为计算密集型的比对任务提供了弹性和并行化..."

编码蛋白质DNA序列并行比对工具
蛋白表达数据库

蛋白表达数据库
http://lifecenter.sgst.cn/wipa14/

蛋白表达数据库
鸟枪法质谱数据蛋白质鉴定质量控制工具

鸟枪法质谱数据蛋白质鉴定质量控制工具
http://www.bprc.ac.cn/PepDistiller

鸟枪法质谱数据蛋白质鉴定质量控制工具
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转录组转录组
表达序列标签数据库

表达序列标签(Expressed Sequence Tag, EST)是基因表达的短cDNA 序列。EST序列携带着基因的某些信息,是寻找新基因、了解基因在基因组中的定位及其精细结构、mRNA可变剪接等研究的...

表达序列标签数据库
MirnaGeneNet

Query interface for microRNA - gene transcriptional network. We offer two query types: Level neighbours and Minimal network. Ouput figure size and Vertex radius could be defined by user.

MirnaGeneNet
NimbleGen嵌合芯片分析平台

NimbleGen嵌合芯片分析平台
http://ntap.cbi.pku.edu.cn/

NimbleGen嵌合芯片分析平台
DM_BN

Genome-wide gene expression profiles accumulate at an alarming rate, how to integrate these expression profiles generated by different laboratories to reverse engineer the cellular regulatory network has been a major challenge...

DM_BN
哺乳动物转录组数据库

we present a MTD that is focused on mammalian transcriptomes with a current version that contains data from humans, mice, rats and pigs. Regarding the core features, the MTD browses genes based on their...

哺乳动物转录组数据库
植物转录组数据库

PlantransDB is a database dedicated to extensively collecting and sharing RNA-seq-based transcriptomic assemblies and annotation for plant species. The latest version of PlantransDB contains 433 assemblies...

植物转录组数据库
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传染疾病基因组传染疾病基因组
乙肝病毒生物系统数据库

"乙型肝炎是世界性广泛传播的严重传染疾病。全球共有约3.5亿人为乙肝表面抗原携带者,其中至少一半在中国。乙肝病毒具有易复制性,高变异性和不断增强的耐药性等特征,对乙型肝炎的预防和控制产生持续的影响。 HBV基因组结构特殊,为不完全闭合的双链环状DNA形式..."

乙肝病毒生物系统数据库
禽流感病毒数据库

禽流感病毒属甲型流感病毒。流感病毒属于RNA病毒的正黏病毒科,分甲、乙、丙3个型。

禽流感病毒数据库
流感病毒基因组数据库

流感病毒主题数据库收集和整理基因组数据和相关的流感病毒数据,并对收录的数据进行整理与分析,用户可以分别对核酸、蛋白序列、临床数据、样本信息、科研结果等进行浏览与查询。

流感病毒基因组数据库
艾滋病病毒数据库

人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus, HIV)是一种感染人类免疫系统细胞的慢病毒(Lentivirus),属反转录病毒的一种。

艾滋病病毒数据库
肝炎病毒数据库

病毒性肝炎(viralhepatitis)是由多种不同肝炎病毒引起的一组以肝脏害为主的传染病。

肝炎病毒数据库
传染性病原体检测平台

包括荧光PCR检测、PCR测序检测、基因芯片、抗体检测、高通量测试检测等途径,实现对病毒耐药性、重点病毒、微生物有害因子等的有效检测。

传染性病原体检测平台
钩端螺旋体数据库

钩端螺旋体(leptospira)简称钩体,种类很多,可分为致病性钩体及非致病性钩体两大类。

钩端螺旋体数据库
严重急性呼吸综合症病毒数据库

SARS病毒属于冠状病毒科,为正链RNA包膜病毒,在宿主细胞内合成3’端亚基因组mRNAs。

严重急性呼吸综合症病毒数据库
血吸虫数据库

旨在提供全面的血吸虫数据。目前提供的数据有日本血吸虫基因组的全部Reads、Contig、Super contig数据和曼氏血吸虫的部分数据。

血吸虫数据库
流感病毒数据库

IVDB是流感病毒遗传学、基因组学和系统进化学研究的综合分析平台。它收集了所有的流感病毒序列,提供了功能强大的数据查询系统,能够显示全球的序列分布,集成了在线的分析工具,等等。IVDB必将有利于理解流感病毒的发病机理、进化、传播、诊断及防治。

流感病毒数据库
病毒基因组图谱数据库

病毒基因组图谱数据库
http://lifecenter.sgst.cn/virusgenome/

病毒基因组图谱数据库
乙型肝炎病毒综合数据分析平台

乙型肝炎病毒综合数据分析平台
"乙型肝炎病毒综合数据分析平台(HBV-DIAP, HBV Data Integrative Analysis Platform)是一个临床样本采集、信息化管理、生物数据信息分析以及临床影响评价四大技术为主要支撑的综合性公共服务数据平台..."

乙型肝炎病毒综合数据分析平台
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功能基因组功能基因组
脊椎动物头对头基因对数据库(H2H)

DBH2H is a database of head-to-head genes in human, mouse, rat, chicken and fugu. Head-to-head (h2h) gene pairs with their Transcription Start Sites (TSSs) less than 1kb apart were...

脊椎动物头对头基因对数据库(H2H)
医学微生物数据库

大千世界中,微生物可能是与人类共享这个星球的最常见的生命形式,它们种类繁多,无所不在。据统计,在1克土壤中存在的微生物物种数,就比全世界所有的哺乳动物种类还多。

医学微生物数据库
人类元基因组数据库

国际学术界把多种微生物聚居在一起形成的系统称为“微生物群落”,也称菌群,群落中的所有微生物基因组的总和称为“元基因组”。

人类元基因组数据库
基因突变数据库

基因突变数据库按照9种突变类型对数据进行了分类整理,并提供了参考文献以及突变引起的疾病名称。用户可以方便地检索相关信息。

基因突变数据库
放射杂交服务系统

染色体基因定位的方法有多种,包括传统的原位杂交中的荧光技术(fluorescent in situ hybridization,FISH)和放射杂交(radiation hybrid,RH)定位等。

放射杂交服务系统
元解析基因组浓缩分析平台

元解析基因组浓缩分析平台(MGSEA)通过引入荟萃分析的方法消除不同实验室之间的偏差,对来自相似平台的多套芯片数据进行整合,以在生物学通路水平对芯片实验的结果做出阐释。

元解析基因组浓缩分析平台
比较基因组平台

比较基因组平台采用Blast程序,使用基因组的携带最原始信息的核酸进行比较。平台收录了绝大多数的已经完成了基因组拼接的全长基因组数据,并且按照细菌、古菌和真核生物以及病毒、类病毒、质粒进行了分类,可以实现了分类内的不同基因组的比较。

比较基因组平台
日本血吸虫基因组数据库

日本血吸虫是引起血吸虫病的主要病原之一,在中国及东亚地区广泛流行,严重威胁人类健康。上海人类基因组研究中心等单位完成了日本血吸虫基因组计划,公布了基因组和预测基因序列,以及代谢途径分析结果,为血吸虫病的防治提供重要的基础数据支持。

日本血吸虫基因组数据库
昆虫寄生真菌基因组数据库IFGD

中科院上海生命科学研究院植物生理生态研究所、浙江大学、上海人类基因组研究中心等单位开展了白僵菌、绿僵菌、冬虫夏草等昆虫寄生真菌的基因组研究,构建了这些物种的比较基因组数据库,提供数据下载和序列比对服务。

昆虫寄生真菌基因组数据库IFGD
水稻杂种优势数据库 (HRGD)

水稻杂种优势数据库对用户提供免费的数据查询、数据在线下载服务,用户可以选择使用普通检索或高级检索对数据库的进行多方式的检索查询。对于查询的结果,数据库提供了多种格式供用户浏览、下载,还提供应用于数据的软件。

水稻杂种优势数据库 (HRGD)
拟南芥激素数据库

拟南芥激素数据库
http://ahd.cbi.pku.edu.cn/

拟南芥激素数据库
drvis

drvis:Dr.VIS collects and locates human disease-related viral integration sites.
http://202.120.189.88/drvis/

drvis
真核生物同源组数据库

真核生物同源组数据库
http://epgd.biosino.org/EPGD/

真核生物同源组数据库
工业微生物基因组数据库

工业微生物基因组数据库
http://lifecenter.sgst.cn/indus_mic/cn/home.do

工业微生物基因组数据库
SySAP

SySAP:a System-level predictor of deleterious Single Amino acid Polymorphisms
http://lifecenter.sgst.cn/SySAP/

SySAP
植物转录因子数据库

植物转录因子数据库
http://planttfdb.cbi.edu.cn/

植物转录因子数据库
叶片衰老数据库

叶片衰老数据库
http://www.eplantsenescence.org/

叶片衰老数据库
单核苷酸变异预测软件

单核苷酸变异预测软件
http://lifecenter.sgst.cn/SySAP/

单核苷酸变异预测软件
分枝杆菌泛基因组数据库

分枝杆菌泛基因组数据库
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分枝杆菌泛基因组数据库
微生物基因组拼接和比较基因组学信息可视化软件

微生物基因组拼接和比较基因组学信息可视化软件
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微生物基因组拼接和比较基因组学信息可视化软件
分枝杆菌泛基因组数据库

分枝杆菌泛基因组数据库
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分枝杆菌泛基因组数据库
近缘微生物基因组中基因相对位置变化的软件

近缘微生物基因组中基因相对位置变化的软件
缺失URL

近缘微生物基因组中基因相对位置变化的软件
玉米组学数据共享平台

玉米组学数据共享平台
缺失URL

玉米组学数据共享平台
泛基因分析软件

泛基因分析软件
PGAP is a pan-genomes analysis pipeline developed with Perl. It could perform five analytic functions with only one command, including cluster analysis of functional genes, pan-genome profile analysis, genetic variation...

泛基因分析软件
通用基因组浏览器框架

通用基因组浏览器框架
缺失URL

通用基因组浏览器框架
水稻基因组数据库

水稻基因组数据库
www.ricemap.org

水稻基因组数据库
虚拟中国人基因组

虚拟中国人基因组
"虚拟中国人动态基因组数据库(VCGDB)是基于国际千人基因组计划中来自两个中国人群体的194个全基因组序列数据构建的,该数据库提供了一系列动态基因组学信息,包括3,500万个单核苷酸变异位点信息..."

虚拟中国人基因组
泛基因分析可视化软件

泛基因分析可视化软件
"PGAP(Pan-Genomes Analysis Pipeline)是一款基于Perl语言开发的一套用于原核生物泛基因组学分析的自动化软件。他整合了五种比较基因组学和泛基因组学中常用的生物信息学分析方法和算法..."

泛基因分析可视化软件
水稻组学整合数据库系统Information Commons for Rice

水稻组学整合数据库系统Information Commons for Rice
Information Commons for Rice (IC4R) is a rice knowledgebase based on an extensible and sustainable architecture that achieves data integration through community-contributed modules...

水稻组学整合数据库系统Information Commons for Rice
DNA甲基化重编程数据库

DNA甲基化重编程数据库
MethBank is a DNA methylome programming database that integrates the genome-wide single-base nucleotide methylomes of gametes and early embryos at multiple diverse stages in different model organisms.

DNA甲基化重编程数据库
水稻杂种优势数据库(HRGD)

水稻杂种优势数据库(HRGD)
http://hrgd.big.ac.cn

水稻杂种优势数据库(HRGD)
植物转录组数据库软件

水稻杂种优势数据库(HRGD)
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物转录组数据库软件
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功能蛋白质组功能蛋白质组
体液蛋白质数据库

Our body fluid protein database,Sys-BodyFluid, contains 11 body fluid proteomes and over 10,000 proteins. The body fluid proteome data come from 50 peer-review publications of different...

体液蛋白质数据库
中国蛋白质结构数据库

中国蛋白质结构数据库存储了蛋白质和复杂组件的结构信息。我们主要采集的是中国人提交的PDB数据,并统计了中国作者所占的百分比,以衡量中国人在蛋白质等生物大分子三维空间结构领域作出的...

中国蛋白质结构数据库
去毒蛋白库

该数据库建立的目的是提供有用的去毒蛋白基因相关信息。生物体内存在的I相和II相去酶类(也称为外源物代谢酶和药物代谢酶)是生命体自我保护机制的重要酶类,数据库提供这些蛋白的相关信息...

去毒蛋白库
蛋白质二级结构构象参数数据库

The DSSP program was designed by Wolfgang Kabsch and Chris Sander to standardize secondary structure assignment.

蛋白质二级结构构象参数数据库
蛋白质回环分类数据库

This page has been built up based on our previous work of protein loop classification. A table of five loop classes were constructed by computational clustering...

蛋白质回环分类数据库
蛋白质功能位点

Prosite is a method of determining what is the function of uncharacterized proteins translated from genomic or cDNA sequences.

蛋白质功能位点
人类和小鼠锌指蛋白基因C2H2信息资源

SysZNF, an information resource for C2H2 Zinc Finger genes in human and mouse.

人类和小鼠锌指蛋白基因C2H2信息资源
PDRIWeb

Nucleic Acid Binding Protein Prediction. The submitted sequence must be in FASTA format. The program was developed by Bioinformatics Center and Chinese Academy of Sciences.

PDRIWeb
肝脏蛋白质组表达谱数据库软件

肝脏蛋白质组表达谱数据库软件
http://61.50.138.119/dblip/pages/main.jsf

肝脏蛋白质组表达谱数据库软件
蛋白质亚细胞组分定位预测软件

蛋白质亚细胞组分定位预测软件
http://61.50.138.123/PreLocABC

蛋白质亚细胞组分定位预测软件
蛋白质功能位点数据库

蛋白质功能位点数据库
http://lifecenter.sgst.cn/prosite/en/proHome.do

蛋白质功能位点数据库
赖氨酸乙酰化预测工具

赖氨酸乙酰化预测工具
http://lifecenter.sgst.cn/LysAcet/

赖氨酸乙酰化预测工具
O-Glycosylation Prediction by SVMs

O-Glycosylation Prediction by SVMs
http://lifecenter.sgst.cn/Oglyc/

O-Glycosylation Prediction by SVMs
蛋白质抗原决定簇空间预测

蛋白质抗原决定簇空间预测
http://lifecenter.sgst.cn/seppa/

蛋白质抗原决定簇空间预测
SnoPred

SnoPred
http://lifecenter.sgst.cn/SnoPred/

SnoPred
MLPP_Web

MLPP_Web
http://lifecenter.sgst.cn/MLPP_Web

MLPP_Web
丙氨酸抗体表面突变分析平台

丙氨酸抗体表面突变分析平台
http://lifecenter.sgst.cn/pama/

丙氨酸抗体表面突变分析平台
蛋白质磷酸化位点预测

蛋白质磷酸化位点预测
http://lifecenter.sgst.cn/ppps/en/home.do

蛋白质磷酸化位点预测
空间表位分析平台

空间表位分析平台
http://lifecenter.sgst.cn/tiptope/

空间表位分析平台
变构蛋白质数据库

变构蛋白质数据库
http://mdl.shsmu.edu.cn/ASD/

变构蛋白质数据库
拟南芥蛋白相互作用数据库

拟南芥蛋白相互作用数据库
http://www.megabionet.org/atpid/webfile/

拟南芥蛋白相互作用数据库
蛋白质组数据资源系统

蛋白质组数据资源系统
iProX is an integrated proteome resources center in China, which is build to accelerate the worldwide data sharing in proteomics. iProX is composed of a data submission system and a proteome database...

蛋白质组数据资源系统
高精度质谱数据母离子质量误差校正软件

高精度质谱数据母离子质量误差校正软件
http://code.google.com/p/ftdr/

高精度质谱数据母离子质量误差校正软件
人类肝脏知识总库LiverAtlas

人类肝脏知识总库LiverAtlas
http://liveratlas.hupo.org.cn/

人类肝脏知识总库LiverAtlas
蛋白质组并行化定量软件包

蛋白质组并行化定量软件包
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蛋白质组并行化定量软件包
基于Self-boosted Percolator方法改进基于质谱的X!Tandem肽段鉴定

基于Self-boosted Percolator方法改进基于质谱的X!Tandem肽段鉴定
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基于Self-boosted Percolator方法改进基于质谱的X!Tandem肽段鉴定
蛋白质组数据管理、分析及展示的软件系统

蛋白质组数据管理、分析及展示的软件系统
http://proteomeview.hupo.org.cn/chromosome.jsp

蛋白质组数据管理、分析及展示的软件系统
无标定量软件LFQuant

无标定量软件LFQuant
LFQuant is a new analysis tool for label-free LC-MS/MS quantitative proteomics data.

无标定量软件LFQuant
有标定量软件SILVER

有标定量软件SILVER
SILVER is an efficient tool for quantification of the stable isotope labeling mass spectrometry data. SILVER implements novel methods for quality control of quantification at spectrum...

有标定量软件SILVER
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表观遗传学表观遗传学
SeqSpider

Deep sequencing has spurred genome-wide mapping of transcription factor binding sites, histone modifications and DNA methylations...

SeqSpider
多组学多组学
水稻基因组注释及知识数据库系统

Rice is the first genome sequenced crop in the world and its improvement of harvest and trait can significantly benefit to humans.

水稻基因组注释及知识数据库系统
基于wiki的水稻信息整合系统

RiceWiki, a project of IC4R (Information Commmons for Rice) as well as a component of ScienceWikis, is a wiki-based, publicly editable and open-content platform for community curation of genes and Omics Knowledge in rice, viz., a community-curated resource...

基于wiki的水稻信息整合系统
跨生物信息学数据库搜索的搜索引擎

"生物大数据搜索引擎Bioso!支持对数据平台中整合的各种数据资源跨库精确检索并提供高质量的可视化检索结果。Bioso! 功能强大,提供“一站式”跨数据检索与浏览,拥有丰富的图形可视化界面,以及很好的查询速度与精确度。Bioso!提供类似谷歌、百度式的检索方式..."

跨生物信息学数据库搜索的搜索引擎
跨平台搜索引擎

跨平台搜索引擎
http://mrs.im.ac.cn/

跨平台搜索引擎
基于wiki的肝脏数据库

基于wiki的肝脏数据库

基于wiki的肝脏数据库
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