关于我们

基本职能

生物信息科学数据共享平台(Science Data Sharing Platform Bioinformation, SDSPB)为上海生物信息技术研究中心的核心部门。SDSPB以2006年12月成立的上海生命科学数据中心为基础,目前已经逐步发展成为国内重要的生物信息科学数据共享平台和生物信息技术公共服务平台的实际载体,也是上海市首批专业技术服务平台之一。平台作为上海研发公共服务平台的首批专业技术服务加盟单位,其基本职能包括:1 运行维护平台提供的各类生物信息资源共享服务;2 发布或更新合作单位完成的新的共享资源;3 根据国内和国际生物技术的发展,及时开发整合具备自身特色的生物资源数据库、分析软件以及综合平台。目前,SDSPB有专职服务人员10人,均具有本科以及本科以上学历。SDSPB的对外服务平台是“ 生物信息科学数据共享平台”(http://lifecenter.sgst.cn),平台主要聚焦生命科学领域中高通量组学、系统生物学、药物研发、公共卫生、生物医药产业信息等学科的进展,定期采编和整合相关领域的最新研究进展、研究方法、数据资源以及科研新闻,从而为生命科学领域的研究人员提供全面的技术服务。

主要服务内容

一、生物信息数据资源汇交、管理和共享
生物信息科学数据共享平台提供基因组、转录组、蛋白质组和文献等生物信息数据的汇交、管理和共享等服务。其中,基因组数据服务对象包括普通核酸序列、EST/STS/GSS等序列表达数据、引物数据、一代测序数据Trace、二代测序数据SRA,以及物种、蛋白质、基因等序列相关的资源,并提供了按照物种进行浏览的基因组数据。共享平台还开发了很多具有特色的,与生物医药研究密切相关的数据资源,包括癌症差异表达蛋白数据、遗传疾病数据库、中药活性成分代谢数据库(HIMD),以血吸虫、肝炎病毒等生物物种为代表的传染病数据库,以生物医学文献摘要数据库和Hotdata为代表的文献服务资源。此外,共享平台还开发了多种数据分析平台,包括乙肝耐药性分析、抗原表位预测、整合的转录调控平台等特色的在线计算和综合服务平台。
二、生物医学数据库发布、托管与维护
通过生物信息科学数据共享平台为合作伙伴以及第三方单位提供数据库发布和托管服务,提供共享主机或者独立主机服务。可以根据需求,建立数据自动维护流程,实现数据的定期更新。
三、专业数据库与软件开发
面向生物医学的科研院所和企业,开发专业数据库和软件,包括以基因组为核心的高通量生物信息数据展示平台,以个性化医疗为重点的数据分析平台,以及针对菌种和细胞等生物资源你的信息管理系统等
四、其他软件定制开发
为科研单位和企业提供实验室信息管理系统,企业网站门户开发,以及其他软件的定制开发
五、生物信息数据分析
提供以生物学数据整合、分析为目的的数据分析服务,以及以支持向量机等机器学习方法为核心的数据分析服务

服务方式

  • 数据和在线计算资源共享:通过门户网站提供生物信息科学数据资源的查询,通过FTP服务器提供数据资源,用户可以联系我们提供数据的本地移植和安装。
  • 数据汇交:登陆服务器后,根据需要汇交的数据内容,下载标识文件后,用户就可以登陆通过FTP服务器向 共享平台提交数据。共享平台收到请求后,将由数据值班员对数据进行格式审核和内容审核,审核通过后数据就可以通过共享平台提供服务。在审核过程中,数据值班员可能与数据提交者联系,确保数据的质量。如果共享平台尚不支持用户希望提交的数据联系,用户可以与共享平台联系,共享平台将组织专家讨论决定是否提供新的数据汇交支持。
  • 资源发布:用户如果有已经完成的数据库、在线计算工具或者其他资源需要对外提供稳定的不间断共享服务,共享平台乐于为用户提供多种方式的托管服务。共享平台支持的数据库类型包括Oracle、MySQL和PostgreSQL三类数据库,支持的页面语言包括JSP和PHP,支持R、 PERL、Python等动态语言。
  • 数据库开发:用户如果有数据资源需要通过WEB方式提供对外服务,共享平台可以和用户共同完成开发任务,并根据用户需求制定和实施数据更新计划。

联系方式

通信地址: 上海市浦东新区科苑路1278号2楼生命科学数据中心,邮编:201203
联系电话: +86-21-20283723
电子邮箱:
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