基本职能

生物信息科学共享平台是以2006年12月成立的上海生命科学数据中心为基础，逐步发展成长的科学数据共享平台，同时也是生物信息技术公共服务平台的实际载体。平台作为上海研发公共服务平台的首批专业技术服务加盟单位，基本职能包括：1 运行维护平台已经提供的各类生物信息共享服务；2并根据生物技术的发展， 及时开发整合具备自身特色的数据库、软件或者综合平台；3发布或更新合作单位完成的新的共享资源。共享平台采编生命科学领域的部分重要研究进展和科研新闻，并及时通报平台的项目和数据维护动态。

服务内容

共享平台目前提供的共享资源共4大类。

• 基础数据资源共享：主要针对生物信息学中常见的数据资源的查询、下载和汇交等科学数据共享服务，如核酸、蛋白质、物种、基因和文献等数据，以及基因组、蛋白质组、转录组等组学资源。这类数据资源中的数据有2类来源：国内自主产生得到的原创性数据，以及根据需要从国际知名数据库（主要是NCBI和EBI）下载得到的数据。 这类数据一般定期更新，而且接受用户提交而来的数据。
• 特色数据资源共享：提供根据特定的目的建立的大量分子生物学数据库的查询和下载等科学数据共享服务，如乙肝、HIV和流感等病毒数据库，血吸虫和钩端螺旋体等寄生虫数据库，以及锌指蛋白、体液蛋白等数据库。这类数据资源部分来自上海生物信息技术研究中心、中国科学院系统生物学重点实验室和复旦大学等合作单位在实验过程中积累的原始数据，以及对核酸、蛋白质和基因等基础数据资源进行再加工的整合数据。更新周期较低，或者基本不更新。
• 在线计算资源共享：提供大量的生物信息专业软件在线计算服务。软件有2类来源，国际上知名的生物信息软件，大多包装为Web Service，提高了系统的整合程度，如BLAST、clustalw、Phylip和Jmol等。另一类软件是上海生物信息技术研究中心、中国科学院系统生物学重点实验室以及其他合作单位开发的软件和工具包等，部分软件还带有计算结果，如SEPPA和SnoPred等。
• 数据资源索引共享：整理了2类生物学相关的资源，包括实验室搜集的细胞和微生物等各类生物医学实验室资源，以及国内科研机构开发提供的在线数据库和工具等生物信息类在线资源。这两类资源都接收用户提交的数据，审核通过后将及时在资源索引中发布。

服务方式

数据和在线计算资源共享：通过门户网站提供生物信息科学数据资源的查询，通过FTP服务器提供数据资源。

• 数据汇交：登陆服务器后，根据需要汇交的数据内容，下载标识文件后，用户就可以登陆通过FTP服务器向共享平台提交数据。共享平台收到请求后，将由数据值班员对数据进行格式审核和内容审核，审核通过后数据就可以通过共享平台提供服务。在审核过程中，数据值班员可能与数据提交者联系，确保数据的质量。如果共享平台尚不支持用户希望提交的数据联系，用户可以与共享平台联系，共享平台将组织专家讨论决定是否提供新的数据汇交支持。
• 资源发布：用户如果有已经完成的数据库、在线计算工具或者其他资源需要对外提供稳定的不间断共享服务，共享平台乐于为用户提供多种方式的托管服务。共享平台支持的数据库类型包括Oracle、MySQL和PostgreSQL三类数据库，支持的页面语言包括JSP和PHP，支持R、PERL、Python等动态语言。
• 数据库开发：用户如果有数据资源需要通过WEB方式提供对外服务，共享平台可以和用户共同完成开发任务，并根据用户需求制定和实施数据更新计划。

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